Saint-Cyrien cavalier, Laperrine est sorti de Saumur en 1881 et a très tôt orienté sa carrière vers l’Afrique du Nord, puisqu’il participe dès l’année suivante aux opérations en Tunisie qui aboutiront à l’établissement du protectorat français. En 1888, il publie une Étude des différents rôles que peut tenir un escadron de cavalerie dans une insurrection en Algérie. Il y insiste sur la confiance réciproque entre chef et subordonnés et sur la recherche permanente de l’initiative par le subordonné. En 1889, Laperrine rejoint l’escadron de spahis du Sénégal où il prend part à plusieurs opérations (les « colonnes » selon l’expression de l’époque). Il prend le commandement du 2^e escadron de spahis soudanais, ce qui lui donne l’occasion de prendre part ou de conduire à son échelon plusieurs opérations contre les touaregs. Dans tous les cas, il s’efforce de rallier les populations. En 1897, il commande l’escadron de spahis sahariens où il ne peut que déplorer l’inadaptation de son personnel au désert.

Lorsque la loi du 24 décembre 1902 crée les « Territoires du Sud », Laperrine qui avait été nommé le 6 juillet 1901 au commandement militaire supérieur des oasis sahariennes va pouvoir bénéficier d’une large autonomie, puisqu’il échappera à la tutelle tatillonne d’Alger, les « Territoires du Sud » bénéficiant d’une administration et d’un budget spécifiques. Le commandement des oasis sahariennes dévolu à Laperrine se subdivise en trois annexes : In Salah, Timimoun et le Touat.

Dès qu’il est nommé, le chef d’escadrons Laperrine s’emploie à recenser les habitants, les palmiers et les chameaux, à établir des notices sur chaque ksour, à établir des relevés topographiques destinés à établir une cartographie de la zone et, dépassant les limites de leur territoire, ses officiers ont recueilli sur les Touaregs et leurs axes de progression de précieux renseignements. Même s’il noue de bons contacts avec la population, creuse des puits artésiens, développe l’agriculture dans les oasis et place au sein de ses trois annexes des notables locaux en position d’intermédiaires entre la population et le commandement, le problème central demeure celui de la sécurité : les axes, ainsi que certaines oasis, demeurent à la merci des razzias des pillards touaregs et berabers. Toute action militaire étant fondée sur de bonnes liaisons, Laperrine établit une ligne télégraphique doublée d’une ligne téléphonique entre El Goléa et Timimoun et vise à la prolonger, d’un côté vers Beni Abbes et de l’autre vers In Salah. Une ligne postale hebdomadaire fonctionne entre Timimoun et In Salah où il établit des facteurs-receveurs.