En principe, les marchés passés par le ministère de la Défense sont soumis au droit commun de la commande publique, notamment au code des mar­chés publics. Le droit européen a toutefois aménagé une large dérogation pour les marchés mettant en cause la protection des intérêts essentiels de sa sécurité et qui se rapportent à la production ou au commerce d’armes, de munitions ou de matériels de guerre. Cette liberté n’a pu être reprise en France. Les principes constitutionnels de liberté d’accès à la commande publique, d’égalité de traitement des candidats et de transparence s’opposent en effet à une liberté totale. Le ministère de la Défense s’est donc doté d’un décret spécifique, créant un régime juridique original pour ces marchés.

Le « traité modificatif » signé à Lisbonne le 13 décembre 2007 et ratifié le 14 février 2008 par la France apporte des innovations institutionnelles qui permettraient à « l’Europe de la défense » de franchir un cap décisif dans son évolution vers une coopération toujours plus étroite entre les États membres. L’activité européenne du ministère de la Défense pourrait s’en voir profondément renouvelée. Plus largement, les modifications internes des principales institutions de l’Union européenne et l’évolution prévisible des relations qu’elles entretiennent entre elles devraient conduire le ministère de la Défense à adapter ses relations avec ces dernières.