De 1967 à 1971, Émile Chaline a été l’un des collaborateurs militaires de Georges Pompidou, à Matignon puis à l’Élysée. Capitaine de vaisseau, il est nommé adjoint Marine au cabinet militaire du Premier ministre de 1967 à 1969. Il poursuit sa mission comme adjoint Marine à l’État-major particulier du président de la République de juin 1969 à mars 1971, avant de prendre le commandement de la division d’avisos-escorteurs du Pacifique. Sa vie durant, Émile Chaline, qui fut membre de l’Institut Georges Pompidou, est resté fidèle à l’œuvre et à la pensée de l’ancien Président dont il aimait à citer le propos : « La République doit être celle de ceux pour qui les problèmes humains l’emportent sur tous les autres. » ⁽¹⁾

De 1967 à 1971, l’amiral Chaline, qui n’est alors que capitaine de vaisseau, a représenté la Marine auprès du Premier ministre puis du chef de l’État. Il avait déjà fréquenté les cabinets ministériels sous la IV^e République, car il avait été aide de camp du secrétaire d’État à la Marine, Jacques Gavini, en 1952. Sa nomination à Matignon, en 1967, n’est alors pas considérée comme une promotion. « Quand j’ai été désigné pour Matignon, racontait-il, mon prédécesseur m’avait laissé entendre que la Marine ne s’intéressait pas aux officiers “détachés”. […] Ces fonctions ne favorisaient en rien la carrière de l’intéressé et les Premiers ministres avaient en général été remplacés avant qu’ils ne soient susceptibles de peser sur les décisions de la Marine en matière d’avancement. Ces postes n’étaient, à l’époque, qu’une antichambre pour rien ! Je pense que la Marine a pris conscience de l’importance de ces postes quand M. Pompidou, nouveau président de la République, m’a pris à son état-major particulier, sans lui demander son avis » ⁽²⁾. 

Traditionnellement, la règle est que les collaborateurs du Président (et du Premier ministre) soient proposés par les différentes armées. Les noms sont sélectionnés par le chef du personnel de l’armée concernée, après avis du chef d’état-major de l’armée en question. Les officiers affectés à l’état-major particulier sont choisis personnellement par le Président, qui consulte à cet effet son chef d’état-major particulier. Ancien collaborateur de Georges Pompidou, fidèle à l’ancien Premier ministre durant la campagne présidentielle, Émile Chaline est nommé à l’état-major particulier du Président en juin 1969. À l’Élysée, Georges Pompidou s’est entouré d’une équipe, tant civile que militaire, composée principalement de ses anciens collaborateurs à Matignon. Émile Chaline fait partie de ceux qui ont suivi l’homme, d’une maison à l’autre ⁽³⁾.