Dans un article de référence ⁽¹⁾ paru au sein de la Revue française de droit administratif en 1997, Joseph Pini dressait le constat de la méconnaissance des Français, hormis quelques plaisanciers avisés, pour la gouvernance de la mer, en général et pour la fonction de préfet maritime, en particulier. Pourtant, cette fonction est ancienne et désormais reconnue au sein de l’organisation administrative française.

C’est en effet le règlement sur l’organisation de la Marine du 7 floréal an VIII (27 avril 1800) qui prévoit la création de six arrondissements maritimes avec à leur tête un préfet maritime. Le premier consul Napoléon Bonaparte calquait alors en mer l’organisation prévue sur terre avec la loi du 28 pluviôse an VII (17 février 1800) et la création des préfets de départements. Il faudra cependant attendre les années 1970 pour voir s’affirmer la fonction de coordination du préfet maritime. Les pouvoirs de ce dernier sont aujourd’hui définis par un décret de 2004 qui dispose que : « le représentant de l’État en mer est le préfet maritime. Délégué du gouvernement, il est le représentant direct du Premier ministre et de chacun des membres du gouvernement » ⁽²⁾. Ce décret précise qu’il est toujours un officier général de Marine et divise la France en trois zones maritimes : la Manche et la mer du Nord, l’Atlantique et la Méditerranée. Conséquence de son rôle et de ses missions, le préfet maritime, accompagné du préfet de département, occupe le premier rang dans l’ordre des préséances lors des cérémonies publiques en l’absence d’un membre du gouvernement en mer et dans l’emprise des bases navales ⁽³⁾.

En outre-mer, c’est-à-dire sur environ 90 % des eaux sous souveraineté française, il n’existe pas de préfet maritime, l’action de l’État en mer est déléguée au représentant de l’État dans le territoire, à savoir le préfet ou le haut-commissaire en Polynésie française et en Nouvelle-Calédonie, ce qu’a d’ailleurs pu regretter la Cour des comptes dans un référé récent ⁽⁴⁾. Au-delà de cette casquette de préfet maritime, l’officier général assumant cette fonction exerce parallèlement celle de commandant de zone maritime ainsi que de commandement d’arrondissement maritime. Il est relativement baroque dans les institutions administratives et militaires françaises de voir un militaire tenir parallèlement des fonctions de deux natures si différentes, toutefois cette cohabitation, fruit de l’histoire, présente une vraie cohérence.