La dégradation constante de la disponibilité des bâtiments de la marine nationale et la difficulté à maîtriser les coûts d’entretien correspondants, ont conduit à réaliser un audit de la fonction entretien flotte qui a mis en évidence la nécessité, d’une part, d’assurer la cohérence du rôle étatique en matière d’entretien et de consentir un effort particulier sur certains secteurs particulièrement sinistrés et, d’autre part, d’aider au redressement de la Direction des constructions navales (DCN), principal industriel du secteur. L’audit recommandait entre autres de mettre fin à la double maîtrise d’ouvrage exercée par la Délégation générale pour l’armement (DGA) et la marine du maintien en condition opérationnelle (MCO) des unités de la marine.

En conséquence, pour répondre à ce diagnostic en ce qui concerne le côté « donneur d’ordres », le délégué général pour l’armement et le chef d’état-major de la marine ont proposé au ministre de la Défense la création d’un service placé sous la seule autorité du chef d’état-major de la marine, s’appuyant sur les moyens et les compétences de la marine et de la DGA, et détenant la responsabilité de toutes les opérations de maintien en conditions opérationnelles des éléments de force maritime. Cette proposition était approuvée par le ministre à l’été 1999, et le service de soutien de la flotte (SSF) créé le 1^er juillet 2000, par décret.

La nouvelle organisation vise à consolider les trois niveaux d’entretien (NTI 1 à 3), à optimiser la prise en compte des besoins opérationnels et des contraintes industrielles, à rationaliser les activités conduites dans les deux ports d’entretien, à mieux assurer le retour d’expérience et à redresser la fonction logistique.