Dans cette seconde partie, les auteurs développent une réflexion sur les initiatives à prendre sur un plan organisationnel afin qu'apparaissent, au sein de l'UE, les conditions les plus favorables au développement d'une dynamique commune de financement de la recherche stratégique aussi ambitieuse qu'efficace.

Parmi les propositions formulées figurent des recommandations portant sur un recours à la notion de « technologie capacitante », sur la mise en place de mécanismes faisant appel à des nations-cadres et à des nations-pilotes (par extrapolation des ces notions telles qu'elles sont envisagées dans le cadre d'opérations militaires conduites sous le contrôle politico-militaire de l'UE), sur la création de deux agences européennes consacrées spécifiquement aux opérations communes d'investissement en faveur de chacun des deux volets de la R&D stratégique, et enfin, sur les différentes options possibles pour le financement de tels investissements.